Les publications de la fédération ont été définies par leur nature et par des critères de co-rédaction, d’inscription dans le cadre de travaux communs de la structure, ainsi que des règles de signature. De plus, il a été décidé de valoriser cette production scientifique via une collection HAL propre à la fédération : https://hal.archives-ouvertes.fr/FONISEN/
Chaque établissement dispose d’un système d’archives et la collecte initiale des productions est faite en respectant les procédures des établissements. Le recensement des productions de la fédération est ensuite réalisé périodiquement par les services documentaires des établissements avec l’aide de points de contact nommés dans chaque équipe. La création et la mise à jour de la collection HAL sont gérées par le service documentaire de l’ONERA. Ce traitement permet de distinguer clairement les résultats propres à chaque établissement des résultats de la fédération, sans avoir besoin d’alourdir les signatures par une mention à la fédération. Par contre les co-auteurs sont incités à introduire dans le texte de la publication la mention « this work is part of the activities of ONERA – ENAC – ISAE-SUPAERO joint research group ».